可更大的震驚還在后面。翻開《永樂大典》，專家們發現，現存所有《永樂大典》有一些共同的特征：從紙張看，這些《永樂大典》用的是嘉靖時期的皮紙，也叫白棉紙，而且，書后都注明了重錄總校官、分校官、寫書官及圈點人姓名?？梢酝茢?，這些《永樂大典》全部出自明朝嘉靖時期!不僅保留在中國的《永樂大典》如此，專家們還發現，目前全世界所能見到的都不是永樂年間編纂的。難道，有人用其他版本取代了正本，那么，正本永樂大典下落之謎去哪里了?
“早在康熙年間，人們見到的《永樂大典》就已經是副本了，且數量上已經不對了。”嘉靖副本也應如正本是11095冊，可康熙年間的《永樂大典》副本，已經少了一千多冊。雍正時，副本由皇史宬移至東交民巷翰林院收藏。乾隆纂修《四庫全書》時，發現《永樂大典》只存9881冊，又比康熙時少了一千冊。
據清末民初著名學者繆荃孫的說法，翰林院的一些官員偷書伎倆極為巧妙。他們一般選擇在冬天進行偷竊，早上進翰林院時隨帶棉袍一件，打成包袱，形狀如兩冊《永樂大典》大小。晚上離開時，他們就把棉襖穿在身上，將兩冊《永樂大典》包入包袱里?？词厝藛T見到他們早上曾帶包袱而來，晚上帶包袱而去，也就沒起什么疑心。
據說，光緒年間翰林侍讀文廷式，一人就盜走100多冊《永樂大典》。文廷式死后，這些書又被其后人出售，賣給洋人或者古董商。就這樣，《永樂大典》大量流失，下落不明。“至于康熙時期《永樂大典》副本為何少了近千冊?可能是在收到皇史宬時出了問題，但這也只是推測，無從考證。”目前流散世界各地的《永樂大典》全都是副本已是共識。換句話說，11095冊《永樂大典》正本已經徹底消失了!那么，它是什么時候，又是因為什么原因消失的?永樂大典下落之謎至今都是謎團。
